De vlag van Muiderberg bestaat uit de traditionele Muiderbergse kleuren geel en blauw en de Muidense kleuren blauw en wit. Daarnaast is het rood-wit-blauw uit de Nederlandse vlag te herkennen. Het ontwerp is van Klaes Sierksma, destijds voorzitter van de Stichting voor Banistiek en Heraldiek. Het initiatief tot het verkrijgen van een eigen vlag voor Muiderberg was afkomstig van de Vereniging tot Viering van Nationale Feesten onder voorzitterschap van Jan Bruurs.
Bij raadsbesluit van 28 augustus 1986 werd de vlag van ‘de woonkern Muiderberg’ officieel erkend. Tegelijk werd bepaald, dat de dorpsvlag binnen de gemeentegrenzen afzonderlijk (vet is van de auteur) ‘gehesen, uitgestoken of meegevoerd’ mocht worden. Buiten de gemeentegrenzen is dit alleen toegestaan ‘ter begeleiding van de gemeentevlag.
Bij brief van 25 september 1986 droeg Sierksma de ‘kopierechten’ (copyrights) over aan de gemeente Muiden. Daarbij deed hij de aanbeveling eventueel gemaakte winst bij commercieel gebruik of bij fabricage en leveranties, over te dragen aan voornoemde vereniging.